Después de pasar por todas las categorías inferiores del Barça, debutó con el primer equipo en la temporada 1990-1991.

Mediocentro de exquisita técnica y gran visión de juego, ejerció como verdadero eje del equipo con su indiscutible '4' en la espalda. Su brillante historial responde a uno de los mejores momentos de la  historia reciente del FC Barcelona, el llamado 'Dream Team' del técnico Johan Cruyff, del que se decía que Guardiola era su prolongación natural en el césped.

Guardiola compartió alineación con algunos de los mejores jugadores del mundo en la década de los 90: Romário, Laudrup, Bakero, Zubizarreta, Stoitchkov, Koeman, Amor, Figo, Ronaldo, Rivaldo o Luis Enrique, entre muchos otros. La cara más negativa de esta sensacional carrera deportiva fue la grave lesión que sufrió en la temporada 1997-98 y le mantuvo apartado de los terrenos de juego durante un año.

Su trayectoria como azulgrana culminó al final de la temporada 2000-01, cuando se fue a jugar a Italia contratado por el Brescia. En el plano internacional, en 1992 ganó la medalla de oro en los Juegos Olímpicos de Barcelona con la selección española.
- Temporadas en el club: 1990-2001
- Partidos jugados: 472
- Goles marcados: 10
- Títulos:
1 Copa de Europa (1991/92)
1 Recopa de Europa (1996/97)
2 Supercopas de Europa (1992 y 1997)
6 Ligas (1990/91, 91/92, 92/93, 93/94, 97/98 y 98/99)
2 Copas del Rey (1996/97 y 97/98)
4 Supercopas de España (1991, 1992, 1994 y 1996)
3 Copas de Catalunya (1990/91, 92/93 y 99/00).